Bahrain nằm dưới sự kiểm soát của Ahmed bin Muhammad bin Khalifa vào năm 1783, sau sự thất bại của Nasr Al-Madhkur, người cai trị quần đảo này như một chư hầu của Ba Tư (xem Bani Utbah xâm lược Bahrain). Ahmed cai trị Bahrain với tư cách là hakim cho đến năm 1796, nhưng đóng tại Zubarah (nay là Qatar) và trải qua mùa hè ở Bahrain. Ahmed là hakim đầu tiên của Bahrain và là tổ tiên của Vương tộc Khalifa cầm quyền ở Bahrain. Tất cả những người cai trị đến từ Nhà Khalifa của Bahrain đều là hậu duệ của ông.

Ahmed có 4 người con. Sau khi ông qua đời vào năm 1796, hai con trai của ông là Salman và Abdulla, chuyển đến Bahrain và cùng cai trị nơi này như các điền trang phong kiến và áp đặt thuế đối với người dân Baharna bản địa. Salman định cư ở đảo Bahrain và Abdulla ở đảo Muharraq, mỗi người cai trị độc lập lãnh thổ của mình. Nhà Khalifa nhanh chóng bị chia thành hai nhánh, Al-Abdulla và Al-Salman tham gia vào cuộc xung đột mở rộng từ năm 1842 đến năm 1846. [lower-alpha 2] Chi nhánh Al-Salman đã chiến thắng và được hưởng quyền cai trị hoàn toàn Bahrain. Cho đến năm 1869, Bahrain bị đe dọa chiếm đóng bởi nhiều thế lực bên ngoài bao gồm người Wahhabis, người Oman, người Ottoman, người Ai Cập và người Ba Tư, tuy nhiên Nhà Khalifa đã cố gắng giữ nó dưới sự kiểm soát của mình.[4][5] Nhánh Al-Abdulla tiếp tục là mối đe dọa cho đến năm 1895.[6] Ngày nay, con cháu của Abdulla ibn Ahmad Al Khalifa sống ở Qatar, trong khi con cháu của Salman ibn Ahmad Al Khalifa sống ở Bahrain.